S ním přišla od 10. prosince i řada změn - jezdí o 5,5 % více vlaků, především dálkových spojů, cestující však musejí počítat s komplikacemi při cestě regionálními spoji z jednoho kraje do druhého a také se zdražením zákaznických a zpátečních jízdenek.
Zákaznické a zpáteční jízdenky pro trasy nad 50 km se zdražují o 12 %. Zákaznické jízdné se sjednotilo na všech tratích na 30% slevě z běžného jízdného. Ostatní ceny se nemění. Majitelé zákaznických karet budou moci využít nové služby eLiška. Ta zavádí jednotnou cenu 140 Kč za jízdenku mezi dvěma krajskými městy. Cena platí pouze při nákupu na internetu a platbě kartou.
Pendolino jezdí z Prahy do Bratislavy jednou denně, do Vídně dvakrát za den; do Bratislavy pod staronovým názvem Slovenská strela a poprvé v historii přesahuje průměrná rychlost na této trase 100 km/h. V provozu je šest souprav, sedmá je v záloze.
Dráhy připravily i zrychlení spojení mezi Prahou a Ostravou. Pendolino ji má urazit za 3 hodiny a 9 minut, tedy o 13 minut rychleji. Nové tři páry vlaků EuroCity z Prahy do Žiliny přes Horní Lideč cestujícím uspoří asi 50 minut. Nyní tyto spoje jezdí přes Bohumín - EuroCity napojí města Vsetín a Valašské Meziříčí, Bohumín je ztrácí, získá ale spojení z Bohumína napříč Moravou až do Bratislavy vlakem IC Moravia. Více rychlíků jezdí také na trase Pardubice - Liberec, Brno - Ostrava nebo Praha - Ústí nad Labem.
Zdržení pravděpodobně čeká zákazníky cestující některými regionálními vlaky. Na některých trasách budou muset na hranici kraje vystoupit a přestoupit do vlaku, který objednává sousední krajský úřad. Týká se to například trati Brno - Česká Třebová, která prochází územím Jihomoravského a Pardubického kraje. Cestující v regionálních osobních vlacích budou nově přestupovat v Letovicích. Podobně na tom budou cestující z Chomutova do Karlových Varů. To je dáno rozdílnými požadavky krajů, které regionální dopravu objednávají. Na šesti regionálních tratích také ČD zcela ukončily provoz, protože si kraje žádné spoje neobjednaly.
ČD se poprvé připojují k evropské síti nočních spojů EuroNight. Dráhy zavádějí přímé noční spojení z Prahy do německého Wiesbadenu se zastavením na letišti ve Frankfurtu nad Mohanem a přímou přestupní vazbou na francouzský rychlovlak TGV do Paříže. Tyto vlaky spojují největší města a hospodářská centra. Vozy mají vysoký komfort a od půlnoci do 6 hodin zastavují pouze omezeně. Aby se mohly ČD do noční sítě připojit, musely zakoupit 12 nových lůžkových vozů od společnosti Siemens Kolejová vozidla. Obnovuje se provoz autovlaku Jadran Expres, bude jezdit v létě z Prahy do Splitu každý den jako pravidelný spoj.
Dráhy chtějí pokračovat v modernizaci infrastruktury a do roku 2010 by tak měla všechna města v ČR nad 20 tis. obyvatel mít rekonstruovaná nádraží. Do modernizace vozového parku chtějí dráhy v roce 2007 investovat asi 2,3 mld. Kč.