Rejdaře trápí především dlouhotrvající sucho, stěžují si ale také na nedostatečnou infrastrukturu na našich řekách. Kriticky podle nich chybí především plavební stupně v Děčíně a v Přelouči. O jejich stavbě se přitom hovoří již mnoho let, příprava obou staveb se však potýká s problémy ohledně dopadů na životní prostředí. Obě stavby se dostaly do přijaté novely zákona, která by měla urychlit výstavbu dopravní, energetické i komunikační infrastruktury.
Nízká splavnost řek se podle viceprezidenta Svazu dopravy Miloslava Černého podepisuje na nízkých přepravách zboží, kdy se podle něj v 90. letech přepravovalo po Labi téměř pět milionů tun materiálu, zatímco v současnosti jsou to statisíce.
Česko kvůli tomu přišlo o velkou část své speciální nízkoponorové flotily. Lodě byly podle předsedy vodní sekce Svazu dopravy Milana Raby rozprodány do zahraničí nebo byly sešrotovány, případně se část rejdařů přesunula do zahraničí.
Úbytek lodní dopravy zaznamenali také v největších tuzemských loděnicích, které mají stále méně zakázek, protože tuzemští rejdaři nové lodě nepotřebují. Poslední nákladní motorová loď pro českou plavbu byla podle Milana Raby vyrobena okolo roku 1993. Výroba lodí přesto ještě v Česku úplně neskončila, nové lodě například z Křešic nebo Lovosic však míří výhradně do zahraničí, zejména do Nizozemska. Podle Raby však nedostatečná infrastruktura komplikuje i tyto zakázky, protože vznikají problémy s převozem lodí. „Kupci ze zahraničí musí čekat, což se jim samozřejmě nelíbí,“ dodal.
Menší tuzemské loděnice zachraňují převážně opravy nebo údržba. Část dokonce provoz uzavřela úplně, z těch největších například loděnice v Mělníku nebo pražské Libni.
V posledních letech naopak roste na našich řekách rekreační provoz, což se odrazilo na počtu osobních lodí, které jsou určeny pro dopravu více než dvanáct cestujících. V ČR jich je aktuálně 84, oproti roku 2010 o 27 procent více. Příčinou je především větší zájem o turistické plavby. Přibývá také malých plavidel s délkou trupu do dvaceti metrů a maximální kapacitou dvanáct lidí. Těch je v Česku více než patnáct tisíc.
Pro oživení lodní dopravy vzniklo v minulosti několik projektů. Vedle výstavby plavebních stupňů a komor na Labi a Vltavě to je také projekt vodního koridoru Dunaj-Odra-Labe. Jeho základní varianta by podle studie ministerstva dopravy stála zhruba 610 miliard korun. Projekt má však řadu odpůrců, podle kterých by to byla neefektivní investice, naopak jeho propagátorem je prezident Miloš Zeman.
O vybudování průplavu, který by spojil Dunaj s povodím Severního moře, se hovoří již od 17. století. Konkrétnější podobu získaly tyto záměry na přelomu 19. a 20. století, připravované plány však smetla první světová válka. V Československé republice se o vybudování tohoto vodního spojení zasazoval zejména Tomáš Baťa. Od skončení druhé světové války se projekt stále připravuje, po roce 1989 nabyly tyto přípravy zvýšené intenzity.